Năm 2016, Đại học Huế tổ chức một Hội đồng tuyển sinh chung để tuyển sinh cho tất cả các trường thành viên. Các trường thành viên bao gồm: Đại học Khoa học, Đại học Sư phạm, Đại học Y dược, Đại học Nông lâm, Đại học Nghệ thuật, Đại học Kinh tế, Đại học Ngoại ngữ, Đại học Luật, Khoa Giáo dục thể chất, Khoa Du lịch và Phân hiệu Đại học Huế tại Quảng Trị.
Phương thức tuyển sinh dựa vào kết quả kỳ thi THPT quốc gia năm 2016 áp dụng cho tất cả các trường thành viên; đồng thời xét tuyển theo học bạ THPT áp dụng cho thí sinh xét tuyển vào Đại học Nghệ thuật, Khoa Giáo dục thể chất, Phân hiệu Đại học Huế tại Quảng Trị và ngành kiến trúc của Đại học Khoa học.
Danh sách ngành học và chỉ tiêu của từng trường thành viên: