Với độ dài 195 phút, phần 2 Avengers có nhiều phân đoạn bị cắt bỏ khi chỉnh sửa hậu kỳ, nhưng chất lượng và nội dung của những cảnh đó không hề kém hấp dẫn.
Một trong những loạt cảnh bị cắt mới được công bố là đoạn Thor (Chris Hemsworth) gặp người Norns do chịu ảnh hưởng phép thuật của Scarlet Witch. Bị Scarlet dùng phép thôi miên, Thor rơi vào ảo ảnh cùng Tiến sĩ Erik Selvig (Stellan Skarsgard). Xuất hiện tại một hang động huyền bí, anh gặp vị thần Na Uy, ông tiên đoán Thor sẽ bước xuống hồ và bị người Norns thao túng tâm trí...
Sau buổi công chiếu thử, phân đoạn này bị cắt do có nội dung gây tranh cãi và hiệu ứng hình ảnh thiếu sống động. Những cảnh quay này được thay bằng những cảnh quay về Infinity Stones. Nhiều nhà phê bình phim cho rằng đoạn bị cắt đi có lẽ phù hợp với Age of Ultron hơn. Những cảnh bị cắt rõ ràng có tác dụng liên kết với mạch phim và cung cấp ngữ cảnh rõ hơn về tổng thể câu chuyện.
Marvel cũng từng có quyết định gây tranh cãi khi cắt loạt cảnh với nội dung về quá khứ nghiện rượu của Tony Stark và thay bằng một mở đầu nhẹ nhàng hơn cho Iron Man 2.
