Innova thế hệ mới thay đổi toàn diện. Lưới tản nhiệt hình thang ngược cỡ lớn hơn, thay đổi một chút ở đường nét thiết kế khiến chiếc xe trở nên bắt mắt hơn, đèn LED ban ngày được tích hợp trên bản Q cao cấp nhất.
Nội thất có nhiều điểm tương đồng như Fortuner mới và Hilux, màn hình cảm ứng 8 inch, kết nối Bluetooth, ra lệnh bằng giọng nói. Bảng đồng hồ có màn hình LCD hiển thị đa thông tin, vô-lăng thiết kế thể thao tích hợp nhiều nút bấm đa chức năng.
Toyota bổ sung thêm bản động cơ diesel mới loại 2,4 lít 4 xi-lanh mang mã GD, công suất 148 mã lực tại vòng tua máy 3.400 vòng/phút, mô-men xoắn cực đại 359 Nm ở dải từ 1.200 đến 2.600 vòng/phút cho bản số tự động và ở bản số sàn cho mô-men xoắn cực đại 342 Nm tại 1.200-2.800 vòng/phút.
Bên cạnh động cơ dầu, Innova 2016 có thêm tùy chọn động cơ xăng Dual VVT-i 2 lít 4 xi-lanh công suất 137 mã lực tại 5.600 vòng/phút, mô-men xoắn cực đại 183 Nm tại 4.000 vòng/phút. Innova 2016 có 2 chế độ lái gồm ECO và Power, tùy chọn số sàn hoặc tự động.
Tại Indonesia, Toyota Innova 2016 hãng sẽ bán ra với 3 phiên bản G, V và Q. Hiện giá của phiên bản Innova 2016 vẫn chưa được hãng công bố chính thức.