Hơn nửa năm điều tra, Viện KSND Tối cao đã có cáo trạng truy tố nguyên trung úy Phạm Xuân Bình (29 tuổi) và thiếu tá Huỳnh Ngọc Tòng (39 tuổi, ngụ Đồng Tháp) về tội Dùng nhục hình.
Theo cơ quan công tố, ngày 16/11/2012 Công an huyện Tháp Mười (Đồng Tháp) nhận thông báo hỗ trợ từ Công an TP.Cao Lãnh (Đồng Tháp) về việc chặn bắt thanh niên bị tình nghi trộm cắp tài sản là Nguyễn Tuấn Thanh (28 tuổi, ngụ Long An) đang chạy xe máy từ Cao Lãnh qua Tháp Mười. Công an huyện này chỉ đạo lực lượng tuần tra dừng xe Thanh và anh này không xuất trình được giấy phép lái xe nên bị lập biên bản, chờ Công an TP.Cao Lãnh xuống làm việc.
Chiều cùng ngày, Công an TP.Cao Lãnh ra lệnh bắt khẩn cấp Thanh để điều tra hành vi trộm cắp tài sản. Khi đưa về đội cảnh sát điều tra, thiếu tá Tòng (lúc đó là Đội phó Đội điều tra) và cán bộ Bình thay nhau thẩm vấn Thanh đến hơn 23h.
Khi bàn giao nghi can cho nhà tạm giữ, cán bộ Đội cảnh sát bảo vệ và hỗ trợ tư pháp thấy Thanh có nhiều vết trầy ở tay, chân, ngực. Sự việc được ghi lại, chờ báo cáo cấp trên.
Trưa 17/11/2012, một cảnh sát phát hiện Thanh gục đầu xuống bàn tại Đội Điều tra trinh sát, mặt tím tái... Nạn nhân được đưa vào bệnh viện nhưng bác sĩ cho biết Thanh đã tử vong.
Kết quả giám định của Viện Pháp y quân đội (Bộ Quốc phòng) xác định nạn nhân tử vong do suy tuần hoàn cấp không hồi phục. Trên người nạn nhân bị chấn thương do bị tác động mạnh vào nhiều vùng trên cơ thể. Trong đó có vùng nguy hiểm như thượng vị, vùng mũi ức.
Nhân chứng khai có thấy cán bộ điều tra đánh anh Thanh. Cuối năm 2013 Bình bị bắt, ông Tòng bị khởi tố nhưng được tại ngoại hầu tra.