Zing đăng tải bài viết của bác sĩ Trần Văn Phúc, khoa Chẩn đoán hình ảnh, Bệnh viện Xanh Pôn, Hà Nội, về đánh giá sự lây lan SARS-CoV-2 tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức dựa trên chỉ số CT và hệ số lây nhiễm R0.
Ngày 30/9, Hà Nội phát hiện ca nhiễm nCoV đầu tiên liên quan Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức. Thời điểm đó, Hà Nội vừa chính thức nới lỏng giãn cách được 9 ngày.
Từ đó đến nay, sau tròn một tuần, 52 trường hợp liên quan cơ sở y tế này đã được xác định nhiễm nCoV. Trong đó, Hà Nội ghi nhận 40 ca nhiễm. 12 trường hợp còn lại được phát hiện ở Nam Định (7), Hưng Yên (1), Hà Tĩnh (2) và Hải Dương (2).
Điều này cho thấy dù gần 100% dân số đã được tiêm chủng vaccine Covid-19, tất cả người trẻ dưới 18 tuổi chưa tiêm vaccine ở nhà, thành phố duy trì xét nghiệm sàng lọc, mục tiêu “Zero Covid-19” tại Hà Nội là điều không thể.
Chỉ số CT “biết nói”
Phương pháp xét nghiệm rRT-PCR là tiêu chuẩn vàng để chẩn đoán Covid-19. Trong đó, CT là chỉ số định lượng có bao nhiêu virus trong mẫu bệnh phẩm thay vì chỉ xem xét âm tính hay dương tính.
Về nguyên lý, phân tử ADN là chuỗi xoắn kép hai mạch đơn. Do đó, chúng sẽ bền vững và ổn định hơn nhiều so với ARN một mạch đơn. Xét nghiệm rRT-PCR là phát hiện ADN. Trong khi SARS-CoV-2 có bộ gene là ARN. Để xét nghiệm rRT-PCR, chúng ta buộc phải thực hiện tổng hợp gene ARN của virus thành ADN, hay còn gọi là phản ứng phiên mã ngược.
Hiểu đơn giản, vật liệu di truyền giống như chiếc khóa quần. Nếu kéo xuống mở khóa sẽ tạo thành hai chuỗi đơn là ARN của virus. Ngược lại, kéo lên đóng khóa chính là ADN hoàn chỉnh.
 |
| Nhân viên y tế tổ chức lấy mẫu xét nghiệm sàng lọc cho người liên quan chùm lây nhiễm tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức. Ảnh: Việt Linh. |
Tuy nhiên, SARS-CoV-2 quá nhỏ, chỉ bằng 1/10 so với virus cúm, để phát hiện được nó, chúng ta phải nhân lên thành nhiều lần. Mỗi lần nhân lên được gọi là CTvalue (Cycle Threshold Value, viết tắt là CT, tiếng Việt tạm dịch là “giá trị ngưỡng chu kỳ”).
Giả sử chỉ số CT trong một mẫu virus:
CT=1: Số virus tạo ra là 2 (2^1)
CT=2: Số virus tạo ra là 4 (2^2)
CT=3: Số virus tạo ra là 8 (2^3)
Hay CT=34 Số virus tạo ra là 17.179.869.184 (2^34). CT=34 cũng được sử dụng làm tiêu chuẩn.
Trong quá trình xét nghiệm rRT-PCR, số lượng virus trong mẫu bệnh phẩm ít buộc chúng ta phải thực hiện các chu kỳ CT đến mức phát hiện được thì dừng lại. CT thấp, tải lượng virus sẽ cao. Giới hạn số chu kỳ CT là 34.
Một số quốc gia trên thế giới có thể lấy mốc CT = 38. Tuy nhiên, với chỉ số CT trên 34, khả năng dương tính giả sẽ khoảng 30% trường hợp.
Nếu một người bị nhiễm SARS-CoV-2 và được xét nghiệm rRT-PCR từ ngày đầu tiên đến ngày khỏi bệnh, chỉ số CT sẽ biến động theo đường cong. Cụ thể là:
- Giai đoạn cửa sổ: Khoảng 4 ngày đầu tiên, CT giảm dần từ 40 đến 35, tải lượng virus rất thấp nên không lây nhiễm.
- Giai đoạn ủ bệnh: Khoảng 3 ngày tiếp theo không có triệu chứng, CT giảm tiếp từ 34 đến 30, tải lượng virus vẫn thấp nên không lây.
- Giai đoạn lây nhiễm mạnh: Khoảng 9 ngày, CT giảm từ 29 đến đỉnh cực tiểu là khi tải lượng virus lớn nhất, sau đó lại tăng dần lên tới 29.
- Giai đoạn thuyên giảm: Khoảng 4 ngày, CT tăng từ 30 đến 34, tải lượng virus thấp đến mức gần như không lây nhiễm.
- Giai đoạn không triệu chứng: Khoảng 3 ngày, CT tăng từ 35 đến 40, tải lượng virus rất thấp, virus coi như không hoạt động, do đó, không có khả năng lây nhiễm.
Một ổ dịch có CT dưới 25 chiếm tỷ lệ lớn chứng tỏ đang bùng phát mạnh mẽ. Ngược lại, nếu lượng mẫu có CT trên 30 chiếm tỷ lệ cao đồng nghĩa xu hướng dịch đang giảm.
Chùm lây nhiễm tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức đang phát triển mạnh
Ngày đầu tiên, cơ sở y tế này phát hiện được 18 trường hợp nhiễm SARS-CoV-2. Trong đó, 12 ca có CT dưới 20, một người CT từ 21 đến 25, 3 trường hợp CT từ 26 đến 29 và 2 ca CT trên 30.
Kết quả này chứng tỏ ổ dịch tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức đang phát triển rất mạnh. Hai ca có chỉ số CT trên 30 rất có thể là những bệnh nhân đầu tiên, đã nhiễm virus từ 17 đến 20 ngày, tức trước Trung thu.
Số ca nhiễm có chỉ số CT dưới 20 chiếm tỷ lệ 67% là rất lớn, tải lượng virus cao nên khả năng lây nhiễm mạnh. Bởi vậy, biện pháp phong tỏa tuyệt đối, chuyển bệnh nhân tới các bệnh viện khác và đưa nhân viên y tế ra khỏi cơ sở y tế này nhằm giãn cách, giảm tiếp xúc là biện pháp chống dịch phù hợp.
 |
| Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức được phong tỏa ngay sau khi ghi nhận ca nhiễm đầu tiên. Ảnh: Việt Linh. |
Thực tế, phương pháp kiểm soát dịch tốt nhất là xác định nguồn lây nhiễm. Để làm được điều này, ngành y tế sẽ phải giải trình tự gene nhiều nhất có thể, nhất là những trường hợp có chỉ số CT cao (tức thời gian nhiễm nCoV gần nhất).
Sau đó, chúng ta phân tính các bộ gene, kết hợp điều tra dịch tễ các trường hợp đã giải trình tự gene từ ổ dịch khác để phát hiện ca nhiễm đầu tiên (F0).
Tuy nhiên, giải trình tự gene nhiều bệnh nhân không dễ. Đa số trường hợp chỉ giải trình tự một đoạn trên gene S, rất tốn kém và mất nhiều thời gian. Trường hợp làm nhanh nhất cũng cần khoảng 2-3 ngày. Bên cạnh đó, đoạn gene S cũng chỉ cho biết sự khác nhau của virus xuất phát từ các ổ dịch.
Dẫu vậy, khi biết được F0, chúng ta có thể điều tra dịch tễ, cách thức lây nhiễm, từ đó đưa ra biện pháp chống dịch nhanh chóng và hiệu quả hơn.
Một cách tiếp cận khác là hệ số lây nhiễm R0. R0 được tính toán dựa trên thời gian tích lũy số ca bệnh từ điểm xuất phát đến lúc tính toán cũng như đặc điểm của biến chủng Delta.
Sau khi tính toán theo các con số tạm quy ước, hệ số lây nhiễm cơ bản R0 tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức là 3,4. Con số này là quá lớn. Tính ngược trở lại từ F0 ban đầu nếu lây nhiễm qua 2 chu kỳ, số ca nhiễm được phát hiện sẽ là 15, 3 chu kỳ là khoảng 55 người.
Tuy nhiên, tính đến ngày 6/10, ổ dịch này mới phát hiện 52 trường hợp dương tính với SARS-CoV-2. Do đó, các biện pháp chống dịch trong thời gian qua có thể đã phát huy hiệu quả, giảm được số lượng ca nhiễm so với lý thuyết.
Theo tôi, nhờ phát hiện kịp thời, biện pháp dập dịch quyết liệt, chùm lây nhiễm này sẽ nhanh chóng được khống chế trong vòng 2 tuần.
Khi chấp nhận mở cửa, sống chung với với SARS-CoV-2, việc xuất hiện những ổ dịch như Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức trong thời gian tới là không lạ. Nguyên nhân là bệnh viện có đặc thù nhiều bệnh nhân cấp cứu, số lượng người đông, chỉ kịp test nhanh kháng nguyên 30 phút thay vì rRT-PCR yêu cầu chờ đợi vài giờ.
Với test nhanh kháng nguyên, tỷ lệ âm tính giả có thể lên tới 49%. May mắn là ổ dịch trong bệnh viện thường có đặc điểm chung là dễ khống chế. Tuy nhiên, virus tại địa điểm này dễ lan ra các địa phương.
