Theo kết luận thanh tra chuyên ngành của Sở GD-ĐT tỉnh Khánh Hòa, toàn trường chỉ có 29 học sinh với 10 lớp ở cả ba cấp học (19 học sinh tiểu học, sáu học sinh THCS và bốn học sinh THPT). Trong 30 giáo viên có bốn giáo viên thỉnh giảng là người nước ngoài.
Đây là trường quốc tế đầu tiên được thành lập tại tỉnh Khánh Hòa vào năm 2010 nhằm đáp ứng nhu cầu cho học sinh được học tập tiếng Anh với chương trình quốc tế và Việt Nam. Thế nhưng đến nay trường Quốc tế APC Nha Trang vẫn chưa có địa điểm cố định. Sở GD-ĐT Khánh Hòa đã yêu cầu nhà trường hoàn chỉnh các hồ sơ, thủ tục thành lập trường, bổ nhiệm hiệu trưởng.
Chiều 22/3, Trưởng phòng tổ chức Sở GD-ĐT Khánh Hòa cho biết hiện tại ở trường Quốc tế APC Nha Trang có lớp chỉ có 1-2 học sinh. Việc trường có tiếp tục duy trì tồn tại hay không là do quyết định của nhà đầu tư. Ông Phan Văn Dũng, Phó giám đốc Sở GD-ĐT Khánh Hòa, cho biết Bộ GD-ĐT chỉ quy định về số học sinh tối đa của mỗi lớp học chứ không có quy định số học sinh tối thiểu. Do đó, thực trạng ở trường quốc tế này vẫn đúng theo quy định hiện hành.
Cũng theo kết luận thanh tra, năm học 2013-2014 trường THPT Đại Việt, tại xã Phước Đồng, thành phố Nha Trang, chỉ có hai lớp với 37 học sinh (20 nội trú, 11 bán trú và 6 ngoại trú). Đây là trường THPT tư thục chất lượng cao được thành lập tháng 1/2012, hiện có 5 giáo viên cơ hữu và 9 giáo viên thỉnh giảng.
Ngoài các ưu điểm của trường, Sở GD-ĐT Khánh Hòa cũng đã kết luận một số giáo viên có giáo án còn sơ sài, không ghi ngày tháng năm soạn, trong tài liệu giảng dạy còn để sai chính tả nhiều, học sinh không có điểm thành phần nhưng vẫn tổng kết môn...
