Panigale 959 thừa hưởng những đường nét thiết kế trên Panigale 899 với những tinh chỉnh ở các chi tiết nhỏ. Ấn tượng ban đầu khi bắt gặp Panigale 959 dưới lớp nguỵ trang là ngoại hình không dữ dằn như 899.
Thân xe được xây dựng dựa trên đàn anh 1299 Panigale. Các hốc gió mở rộng hơn cho phù hợp với động cơ mới kéo theo bộ quây mới rộng hơn, nhưng vẫn giữ những nét khái quát chung dòng superbike của Ducati.
Ducati Panigale 959 tiếp tục sử dụng càng đôi truyền thống giống 899. Hệ thống treo và phanh vẫn theo truyền thống sử dụng hai thương hiệu nổi tiếng Ohlins và Brembo.
Ducati cũng nâng cấp động cơ cho 959 để tìm kiếm những chiếc cúp tại các giải đua.
Tuy nhiên, hiện Panigale 959 vẫn chưa chính thức giới thiệu. Thiết kế chi tiết của xe và những nâng cấp mới hiện ở dạng suy đoán.